Az IH legfőbb hazai együttműködő partnere a Nemzeti Nyomozó Iroda, az elemzők napi szintű kapcsolatban állnak a Kiberbűnözés Elleni Főosztály munkatársaival, elsősorban két kategóriához köthetően: gyermekpornográfia kategóriában a gyermekkel szembeni szexuális visszaélésről készült tartalmak és a gyermekek online szexuális kizsákmányolása körében, és 2022 ősze óta az adathalászat kategóriában, tekintettel a pénzügyi online csalásokra vonatkozó megnövekedett bejelentésszámra.

Az NMHH és az ORFK 2023 decemberében együttműködési megállapodást kötött egymással, érintve és megerősítve az IH és az NNI közötti köteléket. 

A fentiek mellett az IH minden, a bejelentés alapján felmerült, nem magánindítványra üldözendő bűncselekmény gyanúja esetén a nyomozó hatósághoz fordul.